Początki miasta Najstarsze ślady szamotulskiej osady sięgają XI wieku. W odległości 2,5 kilometra od dzisiejszego rynku na północ znajdowała się osada Szamotulskich herbu Nałęcz. Z kolei najstarsza wzmianka o miejscowości pochodzi z 1231 roku, a przed 1257 rokiem Przemysł I – książę wielkopolski nadał osadzie prawo do odbywania targów. Prawo to potwierdził w 1284 roku Przemysł II, książę wielkopolski, a później król Polski. W tamtej osadzie w XII bądź XIII wieku wybudowano kościół pod wezwaniem św. Marcina (pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1298 roku). W niektórych źródłach mowa jest również o wcześniejszym kościele św. Trójcy powstałym w XI bądź XII wieku.
Na południe od osady Szamotulskich powstała nowa osada, która w 1284 roku od księcia wielkopolskiego i późniejszego króla polskiego Przemysła II uzyskała prawo odbywania targów. Przemysł II zatwierdził w Szamotułach targ istniejący od czasów jego ojca księcia wielkopolskiego Przemysła I zmarłego w 1257.Prawdopodobnie 1292 roku w osadzie tej wzniesiono drewniany kościół pod wezwaniem św. Stanisława (pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1306 roku).