W 1982 r. ogłoszono konkurs na projekt nowego kościoła filialnego na oś. Białostoczek. Konkurs wygrał projekt mgr inż. Andrzeja Nowakowskiego z Białegostoku i mgr inż. Janusza Pawłowskiego z Olecka. W dniu 27 kwietnia 1984 r. poświęcony został teren pod budowę kościoła, a 17 maja parafia otrzymała pozwolenie na budowę kościoła i budynku katechetycznego. We wrześniu 1986 r. został oddany do użytku budynek katechetyczny, a 22 grudnia 1986 r. biskup Edward Kisiel poświęcił dolny kościół Miłosierdzia Bożego przy ul. Radzymińskiej. W związku z tym, że nowo powstała parafia nie dysponowała mieszkaniami dla księży, w roku 1988 rozpoczęto budowę plebanii. W dniu 30 listopada 1988 doczesne szczątki sługi Bożego ks. Michała Sopoćki zostały przeniesione z cmentarza farnego i zostały umieszczone w specjalnej krypcie w dolnym kościele – Sanktuarium. W dniu 24 czerwca 1990 r. nastąpił podział parafii Świętej Rodziny i erygowano nową parafię Miłosierdzia Bożego obejmująca teren osiedla Białostoczek.