Ks. abp Stanisław Szymecki – arcybiskup metropolita białostocki w dniu 21 listopada 1993 r., poświęcił obraz i umieścił relikwie św. Siostry Faustyny w dolnym kościele – aktualnie znajdują się w przenośnym relikwiarzu. Ksiądz Michał Sopoćko był spowiednikiem św. Faustyny, a także orędownikiem kultu Miłosierdzia Bożego. Doniosłym wydarzeniem w życiu sanktuarium, była rekonstrukcja Ołtarza Papieskiego, przy którym Ojciec Święty Jan Paweł II sprawował Eucharystię podczas wizyty w Białymstoku w roku 1991 i usytuowanie go przy kościele Miłosierdzia Bożego. Główne uroczystości z udziałem władz miejskich, duchowieństwa i licznie zebranych wiernych odbyły się 5 czerwca 1996 r. w 5 rocznicę przyjazdu Ojca Świętego do Białegostoku. Od tego dnia codziennie przy Ołtarzu Papieskim o godz. 21 odbywa się Apel Jasnogórski. Konsekracja świątyni odbyła się w czasie uroczystej Eucharystii w dniu 30 września 2007 r., której przewodniczył ks. abp metropolita białostocki Edward Ozorowski.