Cotton's Letter lately Printed, Examined and Answered (Londyn 1644).
Do najbardziej znanych publikacji należy książka The Bloudy Tenent of Persecution, for Cause of Conscience (Londyn 1644), gdzie przedstawił w formie dialogu swoje poglądy na temat wolności słowa i wyznania religijnych każdego człowieka. W tym samym roku ukazała się anonimowa broszura, przypisywana autorstwu Williamsa Queries of Highest Consideration Proposed to Mr. Tho. Goodwin, Mr. Phillip Nye, Mr. Wil. Bridges, Mr. Jer. Burroughs, Mr. Sidr. Simpson, all Independents, etc. Wymieniani w tytule "niezależni" dotyczyło członków Towarzystwa Westminsterskiego. Broszura dotykała spraw tolerancji w podobny sposób w jaki ujmował to Williams. W 1652 roku, podczas swojej drugiej wizyty w Anglii, Williams opublikował The Bloudy Tenent yet more Bloudy: by Mr. Cotton's Endeavor to wash it white in the Bloud of the Lamb; of whose precious Bloud, spilt in the Bloud of his Servants;