W trakcie gali poruszył światowe media wyjściem na scenę w samej bieliźnie.
Życie prywatne thumb|Neil Patrick Harris i David Burtka na ceremonii odsłonięcia gwiazdy Harrisa w Alei Gwiazd w Los Angeles, 2011
W listopadzie 2006 na łamach magazynu „People” publicznie oświadczył, że jest gejem i od 2003 żyje w związku z aktorem, Davidem Burtką. 12 października 2010 matka zastępcza urodziła parze: syna, Gideona Scotta, i córkę, Harper Grace. 24 czerwca 2011 panowie ogłosili zaręczyny. 6 września 2014 w Perugii zawarli związek małżeński.
W satyrycznym filmie Harold i Kumar: Spalone święta, w którym Harris grał siebie samego, wyśmiał swój związek z Burtką, twierdząc, że „jest on wymyślony tylko po to, by mógł poznać więcej kobiet”.
Serwis internetowy Middle Eastern Broadcasting Center, pierwszej prywatnej arabskiej telewizji satelitarnej, umieścił aktora na swojej „Gejowskiej liście wstydu”.