Seeley pragnie zdecydowanie separować swoje życie prywatne od zawodowego, jednak podczas pracy wychodzi na jaw wiele faktów z jego życia. W trakcie serii dowiadujemy się wiele o pracy Seeleya jako snajpera. Mężczyzna wyznaje Bones, że chce aresztować tylu morderców, ilu osobom odebrał życie (49). W ostatnim odcinku pierwszej serii, gdy Bones identyfikuje szczątki swojej matki, Booth stara się wspierać ją na duchu, choć wie, że gdy tylko pojawi się ojciec Tempe, będzie musiał go aresztować.
Druga seria (21 odcinków) Następuje zmiana na stanowisku szefa Instytutu Jeffersona: dr Goodmana zastępuje dr Camille Saroyan, była dziewczyna Bootha. Zmiana w zespole wytwarza napięcia, które agent musi łagodzić. W trakcie serii spędza noc ze swoją byłą Rebeccą, a zaraz potem z Cam. Tak rozpoczyna się na nowo ich związek. W czasie jego trwania Temperance, wraz z dr. Jackiem Hodginsem zostaje zakopana żywcem w samochodzie przez Grave Diggera, co skutkuje wściekłością Bootha i pierwszym tak dużym objawieniem jego uczuć. Z powodu zagrożenia ze strony seryjnego mordercy Eppsa, Booth kończy związek z Cam i postanawia już nigdy nie być z nikim, z kim pracuje. Mężczyzna ciężko przeżywa sprawę śmierci Eppsa, a nadmiar uczuć wyładowuje strzelając do clowna umieszczonego na samochodzie rozwożącym lody.