Cała ekipa z Instytutu stawia się na pogrzebie. Wychodzi na jaw, iż była to prowokacja. Booth otrzymuje za to cios w szczękę od Temperance. Ostatecznie zostaje wyjaśniona sprawa Gormogona, co skutkuje zamknięciem jego poplecznika, Zacka w szpitalu psychiatrycznym. Przyjaciele są załamani, gdy wychodzi na jaw, że z wrogiem współpracował jeden z nich.
Czwarta seria (26 odcinków) Booth leci na wykłady dla policji do Londynu. Wraz z Temperance podejmują się pomóc angielskiej policji w rozwiązaniu sprawy. Booth nie odnajduje się w Anglii, nie podoba mu się ani pogoda, ani akcent, nic. W Waszyngtonie partnerzy nadal odwiedzają psychologa, który dostrzega już wagę ich związku, do której oni nie chcą się przyznać. Mimo wszystko, związek emocjonalny między Boothem i Brennan rośnie w siłę, co powoduje, że ich pozostałe związki okazują się klęskami. Booth spędza z Bones coraz więcej czasu, co zauważa ich psycholog. Sweets, jak Angela, stara się zmusić oboje do przyznania się do swoich uczuć, czym irytuje Bootha i Bones, sprawiając, że coraz bardziej się zapierają. Do problemów z terapeutą dochodzi pojawienie się młodszego brata Bootha – Jareda, który zaczyna podrywać Bones, a także odwiedziny (ucieczka) Zacka. Booth namawia Bones do pomocy w zajmowaniu się edukacją jego syna, Parkera.