Trzecia seria (15 odcinków) Bones nie może przeboleć wyjazdu swojego ucznia, Zacka, do Iraku. Nie jeździ z Boothem na miejsca zbrodni, co niepokoi agenta. Kiedy Zack wraca, sytuacja się uspokaja, a Tempe wraca do pracy w terenie. W trakcie serii Booth wspiera Bones, która z trudem radzi sobie z powrotem ojca. Dzięki poradom Bootha, Tempe staje się coraz bardziej uczuciowym człowiekiem. Pojawia się seryjny morderca, zwany Gormogonem, jego osoba przewija się do samego finału serii. Booth i Bones zostają skierowani na "terapię partnerską" u dr. Lance'a Sweetsa. Spotkania mają im pomóc lepiej pracować. Dwudziestodwuletni terapeuta nie przypada im do gustu i oboje go męczą, mimo że terapia skutkuje. Wzrasta napięcie między Boothem i Bones, kulminacyjnym momentem jest pocałunek pod jemiołą (The Santa in the Slush 03x09). Wkrótce potem Booth i Bones mają okazję sprawdzić się w roli opiekunów niemowlęcia. W kolejnym odcinku Max Keenan jest sądzony za morderstwo. Booth i Brennan z trudem radzą sobie z byciem po przeciwnych stronach barykady. W ostatecznym rozrachunku Max wychodzi na wolność za sprawą wielkiego poświęcenia swojej córki. Ta sprawa wiele nerwów kosztuje też Bootha. W trakcie kolejnego śledztwa Booth zostaje postrzelony przez psychicznie chorą kobietę, która się w nim zakochuje.