Placówka w Wólce Wygonowskiej liczyła w 1928 około 1800 wiernych.
4 kwietnia 1937 w pożarze wsi spłonęła doszczętnie XVII-wieczna drewniana cerkiew wraz z dzwonnicą. Nabożeństwa zaczęto odprawiać w domu parafialnym. 14 października 1938 położono kamień węgielny pod nową murowaną cerkiew. Prace budowlane przerwano wskutek wybuchu II wojny światowej. Wkrótce po zakończeniu wojny, w wyniku walk zbrojnego podziemia (1946), w Wólce Wygonowskiej zabito 2 osoby i zniszczono 27 gospodarstw. Znaczna część ludności została przesiedlona do Białoruskiej SRR. Mimo to jeszcze w 1946 wznowiono budowę cerkwi, którą ukończono trzy lata później. Świątynia została konsekrowana 14 października 1953. W tym samym roku parafia ponownie uzyskała samodzielność i weszła w skład diecezji warszawsko-bielskiej.
W 1967 do cerkwi dobudowano dzwonnicę, a w latach 70. XX w. wzniesiono nową, murowaną plebanię. W latach 1986–1987 na terenie parafii, w okolicy Krasnej Wsi wzniesiono kaplicę pod wezwaniem św. Serafina z Sarowa. Remonty cerkwi parafialnej przeprowadzono w latach 1999–2000 i 2010–2011.