Od 1904 r. był autorem „Szkiców historycznych”, w których znalazła się znaczna część jego artykułów. Publikował w „Przeglądzie Historycznym”, który założył w 1905 r. i współredagował. Mniej więcej w tym czasie odszedł od idei lewicowych na rzecz współpracy z ruchem narodowym. Działał w Lidze Narodowej oraz w Stronnictwie Narodowo-Demokratycznym.

W latach 1905–1907 w Paryżu i Londynie prowadził badania archiwalne. Po powrocie do kraju w 1908 r. habilitował się w Krakowie. Po dwóch latach został profesorem historii powszechnej na UJ. Jego wykłady cieszyły się dużym powodzeniem, w krótkim czasie zdobywając wysoką pozycję wśród profesorów historii.

Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę, wszedł w skład Komitetu Narodowego Polskiego w Paryżu, współpracował z delegacją polską na Kongresie Pokojowym w Wersalu w 1919 r. Brał też udział w informowaniu ludności śląskiej tuż przed plebiscytem, wyjaśniając zasadność przywrócenia tych ziem do Polski. W swojej twórczości opisywał charakter narodu polskiego, za główną jego cechę uważając umiłowanie wolności oraz poszanowanie zasad tolerancji.