W swojej „Historii Polski” prof. Sobieski przypisał decydującą rolę w opracowaniu planu Bitwy Warszawskiej z 1920 gen. Weygandowi i szefowi sztabu gen. Tadeuszowi Rozwadowskiemu oraz uwydatnił walny udział w walkach 5. armii gen. Władysława Sikorskiego. Po próbie wydania tej książki w języku angielskim rozpoczęły się wobec prof.Sobieskiego szykany ze strony sanacji. Sobieski został skrytykowany w licznych artykułach w polskiej prasie, m.in. „Rozprawa z prof. Sobieskim”. „Sobieski do Berezy” (Ksawery Pruszyński), „Sąd nad prof. Sobieskim”, których autorzy zarzucali Wacławowi Sobieskiemu brak wiedzy historycznej, kompetencji, przygotowania naukowego itp.
Śmierć Sanacyjny minister oświaty mjr Jędrzejewicz zniósł katedrę historii powszechnej UJ, co oznaczało pozbawienie prof. Sobieskiego pracy na Uniwersytecie. W dwa dni po podpisaniu przez Jędrzejewicza tego rozporządzenia, już wówczas podupadły na zdrowiu, prof. Sobieski zmarł. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Rodzina Był synem Stanisława i Leontyny z Czaderskich.