Jego pierwszą żoną była poślubiona w 1912 r. Stanisława z Zieleńskich. Z małżeństwa tego miał troje dzieci m.in. syna i historyka Jakuba Sobieskiego. Małżeństwo to się rozpadło i Wacław Sobieski przeszedł na kalwinizm i uzyskał rozwód. W 1924 r. poślubił Bronisławę Marię Rutkowską (ur. 1892), z którą miał jednego syna.
Uczniowie Do jego uczniów należeli min. Henryk Barycz, Władysław Czapliński, Oskar Halecki, Kazimierz Piwarski, Ludwik Kolankowski, Adam Lewak, Kazimierz Chodynicki, Stanisław Bodniak, Kazimierz Lepszy, Władysław Pociecha, A. Strzelecki, A. Wodziński.
Publikacje Nienawiść wyznaniowa tłumów za Zygmunta III, Warszawa (1902)Nienawiść wyznaniowa tłumów za Zygmunta III. Archiwum Jana Zamoyskiego kanclerza i hetmana wielkiego koronnego, t.1: 1553–1579, wyd. Wacław Sobieski, Warszawa: M. Zamoyski 1904. Trybun ludu szlacheckiego (1905) Polska a hugenoci po nocy św. Bartłomieja (1910) Żółkiewski na Kremlu, Warszawa: Gebethner i Wolff 1920. Dzieje Polski, tomy 1–3 (1923–1925) T. 1; t. 2;