W 2010 roku fragmenty szczątków świętego (w tym ząb i kości) znaleziono w ruinach prawosławnego klasztoru na wysepce Świętego Iwana niedaleko Sozopolu na południowym wybrzeżu Morza Czarnego w Bułgarii. Relikwie wraz z alabastrowym relikwiarzem były zamurowane w ołtarzu nieczynnego od stuleci klasztoru. Relikwie świętego znajdują się także w Polsce, m.in. w bazylice archikatedralnej w Gnieźnie oraz w kościele Znalezienia Krzyża Świętego w Małym Płocku (sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia).
Patronat mały|Wrocław. Tarcza herbowa miasta. Misa zawierająca uciętą głowę świętego – w centrum tarczy. mały|Statua Jana Chrzciciela poniżej ołtarza papieskiego w poświęconej mu bazylice na Lateranie, XVIII w. Jan Chrzciciel jest patronem wielu państw i miast, m.in.: państw i regionów: Austrii, Francji, Holandii, Malty, Niemiec, Prowansji, Węgier oraz Akwitanii i Aragonii; miast na świecie: Amiens, Awinionu, Bonn, Florencji, Frankfurt nad Menem, Kolonii, Lipska, Lyonu, Neapolu, Norymbergi, Turynu i Wiednia; miast w Polsce: Rypina, Chojnic, Mysłowic, Nysy, Kutna, Wrocławia, Stargardu, Łazisk Górnych, Zdun, Pisza, Mińska Mazowieckiego i Torunia; setek parafii na całym świecie.