W tradycji muzułmańskiej (podobnie jak w chrześcijańskiej) za miejsce spoczynku głowy proroka uważa się Wielki Meczet Umajjadów w Damaszku, który jest ważnym miejscem pielgrzymkowym również dla muzułmanów.
Kult W tekstach liturgicznych Liturgia chrześcijańska ukazuje znaczenie Jana i jego misji w perspektywie historii zbawienia i jej wypełnienia w oczekiwanym Zbawicielu i Mesjaszu. Hymn oficjum czytań Liturgii Godzin mówi m.in.:
Jedna z antyfon z Jutrzni ukazuje misję Jana w świetle misji proroka Eliasza, który odnowił wiarę Izraela:
Grób i relikwie mały|Grób św. Jana Chrzciciela w meczecie Umajjadów w Damaszku
Według tradycji chrześcijańskiej i muzułmańskiej grób Jana Chrzciciela znajduje się w Wielkim Meczecie Umajjadów w Damaszku, będącym dawną bazyliką wybudowaną ku jego czci przez cesarza Teodozjusza I Wielkiego. W jego zachodniej części umiejscowiony jest marmurowy grobowiec, a w nim przechowywana jest najważniejsza relikwia – głowa Jana Chrzciciela.
Poczerniałe relikwie prawej ręki (tzw. Prawica-która-ochrzciła-Pana), która była przez wieki główną relikwią zakonu joannitów, znajdują się w soborze Chrystusa Zbawiciela w Moskwie. Skrzynka ozdobiona krzyżami maltańskimi trafiła do Rosji po zajęciu Malty przez Napoleona Bonapartego. Relikwie palców Jana Chrzciciela przechowywane są w Sienie i Stambule.