Po drodze do Igrzysk Olimpijskich w Salt Lake City został mistrzem świata w Vancouver w 2001 roku oraz trzykrotnie triumfował w Mistrzostwach Europy. Podczas Igrzysk stoczył kolejną walkę o złoto z Jagudinem. Po złym występie w programie krótkim zajmował 4. miejsce, jednak po znakomitym występie w programie dowolnym (przy Carmen) awansował na drugą pozycję i zdobył srebrny medal. Mistrzem olimpijskim został Aleksiej Jagudin zdobywając najwyższą notę w historii olimpijskich zmagań.
Po zakończeniu kariery przez Jagudina Jewgienij Pluszczenko zdominował rywalizację łyżwiarzy figurowych. Przegrał tylko dwukrotnie: w Finale Grand Prix w 2004 roku oraz na Mistrzostwach Europy w Budapeszcie w tym samym roku, gdzie przegrał z Brianem Joubertem. Na MŚ w 2005 roku w Moskwie odniósł kontuzję podczas programu krótkiego, co uniemożliwiło mu dalszą rywalizację w tamtym sezonie.
Pluszczenko był głównym faworytem do złota na Igrzyskach w Turynie. Pomimo niepewności związanej z nowym systemem sędziowania Pluszczenko dominował przez całą rywalizację, zdobywając złoty medal olimpijski. W programie dowolnym akompaniował mu węgierski skrzypek Edvin Marton. Po Igrzyskach zawiesił amatorską karierę.