Zaginięcie i skandal obyczajowy Z powodzeniem został wybrany na drugą kadencję. Jego brak zgodności z parlamentem się pogłębiał. W tym czasie miała też miejsce nagłaśniana przez media krajowe afera z jego udziałem. W czerwcu 2009 udał się na wakacje do Argentyny i zaginął. Ani jego żona, ani współpracownicy nie wiedzieli gdzie się podziewa. Telefon komórkowy gubernatora przez sześć dni był wyłączony, a wysyłane do niego esemesy pozostawały bez odpowiedzi. Rzecznik gubernatora poinformował później dziennikarzy, że Sanford wybrał się na górską wędrówkę szlakiem w Appalachach. Gdy gubernator powrócił, przyznał, że był na wakacjach ze swoją kochanką, Maríą Belén Chapur. Oznajmił, że poznał ją osiem lat wcześniej, ale romans z nią rozpoczął się dopiero przed rokiem. Jenny Sanford dowiedziała się o niewierności męża w styczniu, gdy natknęła się na jego list napisany do Chapur. Sanford oświadczył, że na krótko przed wyjazdem do Argentyny on i jego żona zdecydowali się na próbną separację. Afera wywołała kontrowersje i zaszkodziła wizerunkowi gubernatora. Żona Stanforda z powodzeniem uzyskała rozwód z orzeczeniem o winie. Sąd uznał, że doszło do cudzołóstwa.