W 1046, Henryk III wkroczył do Italii by koronować się na cesarza. Bonifacy podjął w Piacenzy cesarza i cesarzową Agnieszkę z Poitou szczodrze i z należytymi honorami. Podobnie para cesarska została podjęta podczas podróży powrotnej przez zarządców Mantui. Stosunki pomiędzy Bonifacym a Henrykiem III jednak wkrótce w 1047 roku pogorszyły się. Przyczyny takiej odmiany są dyskutowane. Henryk mógł poczuć się zagrożony rosnącym w siłę i w bogactwo Bonifacym, toteż podczas nadarzających się następujących po sobie sposobności podejmował próby aresztowania go. Z drugiej strony Bonifacy mógł sprzymierzyć się z hrabiami Tusculum, spokrewnionymi z nimi papieżami oraz Guimarem IV z Salerno. a – podobnie jak w przypadku relacji z Guimarem – Henryk, pomimo iż Bonifacy wspomagał go orężem tłumiąc bunty, mógł poczuć się do obrazy cesarskiego majestatu.