W 1048 Bonifacy poparł złożonego z urzędu papieża Benedykta IX i wspólnie z nim najechał Rzym oraz odzyskał dla sojusznika – choć na krótko – tron papieski. Za swe zasługi uzyskał kontrolę nad częścią ziem kościelnych. Mówiło się o nim, że miał w zwyczaju wyzyskiwać włości od Kościoła – tyczy się to zwłaszcza diecezji Reggio, której w zamian za przekazane mu dobra ziemskie obiecał niewielkie tereny rolne oraz uiszczanie rocznego czynszu. W rzeczywistości z obiecanych zobowiązań wywiązywał się rzadko. Bonifacemu udało się w tamtych latach w znaczny sposób powiększyć dobra rodowe – przede wszystkim w północnych Apeninach, na obszarze Apeninu Emiliańskiego i wzdłuż rzeki Pad.
Ostatecznie Bonifacy przyłączył się do reformatorskiego stronnictwa papieża Leona IX. Był obecny podczas synodu w Pawii. Utrzymywał i rozbudował opactwo Pomposa w intencji zbawienia swojej duszy. Przyznał się nawet do symonii i przyzwolił Guido z Pomposy, by ten wybiczował go w pokucie za grzechy.