Wstąpił do palestry w roku 1856, jednocześnie uzyskując stopień podporucznika w ochotniczej formacji „Chicago Shield Guards”.
Mulligan został opisany w gazecie Detroit Free Press jako mężczyzna „ponad sześciu stóp wzrostu, prosty jak trzcina, silny i muskularny, ze szczerą celtycką twarzą o ciemnych oczach okoloną długimi, połyskliwymi włosami nieco przyprószonymi siwizną, ciemnymi, sumiastymi wąsami, i obdarzoną przenikliwym spojrzeniem orła”.
Udział w wojnie Na samym początku wojny secesyjnej Mulligan utworzył 23 Ochotniczy Pułk Piechoty Illinois in 1861, który mieszkańcy Chicago nazywali zwykle „Brygadą Irlandzką” (nie należy mylić z jednostką o tej nazwie z Nowego Jorku). Podstawą formowania jednostki była „Chicago Shield Guards”. We wrześniu 1861 roku poprowadził swoje oddziały do Lexington (Missouri), bowiem istniała uzasadniona obawa, że prokonfederacka Gwardia Stanowa Missouri dowodzona przez generała-majora Sterlinga Price’a zamierza zająć to miasto dla Konfederacji.