I bitwa pod Lexington, czasami nazywana „oblężeniem Lexington” lub „bitwą zza bel konopi”, rozpoczęła się 13 września 1861 roku, kiedy to 12 500 zaprawionych w boju żołnierzy Gwardii Stanowej Missouri rozpoczęło oblężenie niewielkich sił Mulligana (zaledwie 3500) okopanych wokół starej szkoły masońskiej. 18 września armia Price’a rozpoczęła szturm generalny na umocnienia Mulligana, ale bez skutku. Przez cały następny dzień artyleria konfederatów prowadziła wyniszczający ogień. Wreszcie 20 września wojska Price’a – używając nasiąkniętych wodą bel konopi jako ruchomych przedpiersi – ruszyły w górę stoku, na szczycie którego była ostatnia linia obronna Mulligana. O godz. 14 Mulligan skapitulował. Straty obu stron w tej bitwie wyniosły 64 zabitych i 192 rannych. Price był podobno tak zachwycony umiejętnościami i postawą Mulligana, że zaofiarował mu wolność oraz powóz, konia i eskortę do najbliższych posterunków wojsk Unii.
Od sierpnia do grudnia 1863 roku Mulligan nadzorował budowę Fortu Mulligan, fortyfikacji ziemnych w hrabstwie Grant w stanie Wirginia Zachodnia. Konfederacki generał Jubal Early wyraził uznanie dla umiejętności Mulligana, gdy zajął fort w roku 1864.