Bitwa rozpoczęła się o godz. 6.00 3 lipca atakiem kawalerii konfederatów. Mimo ogromnej przewagi nieprzyjaciela Mulligan potrafił zatrzymać główne siły Early’ego pod Leetown przez cały dzień, zanim zaczął niezwykle powolny odwrót, cały czas walcząc z następującymi oddziałami konfederatów. To dało dowódcom wojsk Unii czas, by przygotować się na uderzenie przeciwnika w dolinie.
Śmierć 24 lipca 1864 roku Mulligan dowodził swymi ludźmi w czasie II bitwy pod Kernstown, w pobliżu Winchester w stanie Wirginia. Późnym popołudniem siły konfederackie gen. Johna Gordona zaatakowały 1800 żołnierzy Mulligana od strony kościoła Opequon. Mulligan przez krótki czas powstrzymał natarcie, ale konfederacki generał-major John C. Breckinridge, były wiceprezydent USA, poprowadził morderczy w skutkach dla Irlandczyków atak od wschodu, podczas gdy strzelcy gen. Stephena Ramseura uderzyli na prawe skrzydło Mulligana od zachodu. W tej sytuacji, otoczony z trzech stron Mulligan musiał dać rozkaz do odwrotu. W chwili, gdy ponaglał swych ludzi rozkazami stojąc wyprostowany w siodle, ranił go śmiertelnie konfederacki strzelec wyborowy. Żołnierze chcieli wynieść go z pola bitwy, ale ogień konfederatów był tak gęsty, że okazało się to niemożliwe.