W 1983 roku został docentem, w 1990 profesorem nadzwyczajnym a profesorem zwyczajnym w roku 1994. Prowadził zajęcia z pedagogiki specjalnej i dydaktyki specjalnej.
W 1985 roku Jan Pańczyk związał się z Uniwersytetem Łódzkim, w którym wykładał przez 19 lat jako docent (1985–1990), profesor nadzwyczajny (1990–1992) i profesor zwyczajny (1992–2004). W związku z jego staraniami, w 1991 roku na Uniwersytecie Łódzkim powstała Katedra pedagogiki specjalnej. Jan Pańczyk kierował nią do 2004 roku. Dodatkowo pełnił także funkcję kierownika Podyplomowego Studium Pedagogiki Specjalnej (1993–2004) oraz kierownika Podyplomowego Studium Logopedycznego (1995–2004).
W 2000 roku, Jan Pańczyk opuścił na własną prośbę APS, w której przez 26 lat pracy pełnił liczne funkcje: kierownika Zakładu Pedagogiki Specjalnej (1983–1985 i 1991–1993) kierownika Katedry Pedagogiki Specjalnej (1993–2000) kierownika Zakładu Dydaktyki Specjalnej (1994–2000) kierownika Resortowego Programu Badawczego III.32 (1986–1990) prodziekana Wydziału Pedagogiki Specjalnej (1981–1983) dziekana Wydziału Rewalidacji (1983–1984) prorektora ds. Nauki (1993–1996) kierownika Podyplomowego Studium Pedagogiki Korekcyjnej (1994–2000).