Przez 16 lat (1984–1999), pełnił dodatkowo funkcję redaktora naczelnego wydawnictwa WSPS (obecnie APS) wydając rocznie ok. 100 arkuszy autorskich, tzn. 10 tytułów (skryptów, materiałów pomocniczych, monografii, prac doktorskich i habilitacyjnych pracowników WSPS-u, zeszytów naukowych, roczników, materiałów z konferencji i sesji naukowych).
Profesor Pańczyk był bardzo zaangażowany w rozwój WSPS-u jako instytucji. W połowie lat 80. zainicjował i zredagował Statut uczelni, który obowiązuje od 1986 r. Gros swojego czasu poświęcał także na organizację studiów stacjonarnych i zaocznych, aby jak największy odsetek maturzystów i nauczycieli już pracujących w zawodzie mógł podjąć kształcenie na pedagogów specjalnych, bądź specjalizację w jednej z dziedzin pedagogiki specjalnej.
Po odejściu z APS podstawowymi miejscami pracy profesora Jana Pańczyka stały się Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy (2000–2003) i Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie (2003–2007), na Wydziale Pedagogiki i Psychologii.
Równolegle do pracy w ww.