I wojna światowa Wybuch wojny znacznie ograniczył działalność Towarzystwa, które borykało się wówczas z problemami natury materialnej i ludzkiej. W 1914 roku stowarzyszenie nie otrzymało żadnej subwencji, a znaczna część aktywnych członków z różnych względów zmuszona była ograniczyć swoją działalność społeczną na czas zmagań wojennych. Rzeczywistość wojenna sprawiła, że Towarzystwo musiało zrezygnować z niektórych projektów takich jak np. te związane z obchodami stulecia powstania Wolnego Miasta Krakowa (1915).
Szeroko zakrojoną działalność statutową zastąpiono doraźnymi próbami zapobieżenia dewastacji Krakowa m.in. poprzez austriacką grabież sprzętu oraz infrastruktury na potrzeby wojenne. Członkowie Towarzystwa zajmowali się wówczas m.in. inwentaryzacją dzwonów kościelnych Krakowa i okolic (w obawie przed ich przetopieniem na potrzeby wojenne) czy argumentacją na rzecz uchronienia miedzianych dachów krakowskich świątyń przed rekwizycją – Towarzystwo zdołało w tej materii z sukcesem zainterweniować m.in. w sprawie rezygnacji władz austriackich z rozbiórki dachu kościoła św. Anny.