Przystąpił wówczas do organizującej się na ziemiach polskich wspólnoty starokatolickiej biskupa Józefa Zielonki, który 30 lipca 1932 roku udzielił mu święceń kapłańskich sub conditione i wyznaczył proboszczem parafii Starokatolickiej Obrządku Wschodniego w Twerdyniu.
W 1933 roku Ignacy Wysoczański ogłosił się administratorem diecezji łuckiej Wschodniego Prawowiernego Katolickiego Kościoła Apostolskiego, a podległej jurysdykcyjnie biskupowi Eugeniuszowi Kupskiemu. W tym czasie wielokrotnie zmieniał miejsce swojego pobytu. Prowadził działalność kapłana wagabundy w wielu miejscowościach na Zamojszczyźnie i Wołyniu. Jednocześnie bezskuteczne starał o przyjęcie w szeregi duchowieństwa archidiecezji lwowskiej Kościoła ormiańskokatolickiego. W 1936 roku za nielegalne udzielane ślubów i rozwodów został skazany na 3,5 roku więzienia. W zakładzie penitencjarnym przebywał do 1939 roku. Początkowo więziony był w Łucku, a później w Samborze.