Po wkroczeniu wojsk radzieckich na teren Polski 17 września 1939, Ignacy Wysoczański wraz z dużą grupą Polaków został wzięty do niewoli. Zaocznym wyrokiem sądu w Moskwie został skazany na 17 lat pracy na Syberii w Workucie. Po kilku miesiącach pracy został zwolniony, a następnie dostał przydział do II Korpusu Polskiego generała Władysława Andersa. Kiedy w 1942 roku armia polska dotarła do Teheranu, ks. Wysoczański znalazł się w obozie cywilnym na terenie tego miasta. Później wyjechał do Afryki Wschodniej. Został kapelanem prawosławnym w Tengeru. Podczas pobytu na uchodźstwie, 8 sierpnia 1943 roku przyjął sakrę biskupią z rąk koptyjskiego arcybiskupa Konstantynopola Curielasa oraz biskupa Kalamazisa. Konsekracja miała miejsce w kościele anglikańskim w Ndola.
Po skończonej wojnie w 1947 jako biskup Kościoła starokatolickiego wizytował placówki w różnych zakątkach świata. W tym czasie podlegał ponownie pod jurysdykcję biskupa Józefa Zielonki. Do Polski powrócił 12 lutego 1948 roku i podjął ponownie współpracę z Polskim Kościołem Starokatolickim.