19 lutego 1948 roku został nominowany biskupem sufraganem Polskiego Kościoła Starokatolickiego. 19 marca 1948 Zygmunt Szypold konsekrował go sub conditione na biskupa. Od maja 1948 bp Ignacy Wysoczański mieszkał w Łodzi, gdzie znajdowała się Kuria Biskupia Polskiego Kościoła Starokatolickiego. W tym czasie został współpracownikiem Urzędu Bezpieczeństwa. Został zarejestrowany jako TW pod pseudonimem Pioter.
Przed 1957 bp Wysoczański został podniesiony do godności arcybiskupa metropolii warszawsko-olsztyńskiej. Następnie 20 marca 1957 arcybiskupa Wysoczańskiego mianowano także biskupem Kościoła Wschodniego Starego Obrządku na terenie całej Polski. Współpracę z Cerkwią białokrynicką Wysoczański rozpoczął w 1953; otrzymał wówczas kilka modlitewników w języku cerkiewnosłowiańskim. Uzyskał ponadto od popowców rumuńskich jurysdykcję na teren Europy zachodniej, Stanów Zjednoczonych, Litwy, Łotwy i Kanady. 29 marca 1957 został mianowany przez abp starokatolickiego Węgier i Czechosłowacji Tomasza Fehérvárya także arcybiskupem i Metropolitą Kościoła Starokatolickiego na Węgrzech i Czechosłowacji. W 1957 zawarto między Kościołem na Węgrzech a Kościołem w Polsce Unię, przy czym każdy Kościół był autonomiczny.