W czasie tych czynności odkryto cenne gotyckie malowidła z końca XIV w., które również zakonserwowano.
W czasie rządów Adolfa Hitlera w Niemczech ks. Arthur Kather był zagorzałym przeciwnikiem ideologii hitlerowskiej (m.in. odprawiał zakazane nabożeństwa dla mieszkających w Elblągu i okolicach robotników przymusowych), przez co w 1940 został wydalony z Prus Zachodnich na polecenie gauleitera Alberta Forstera.
thumb|Widok katedry z ulicy Rzeźnickiej
II wojna światowa i okres powojenny Podczas zdobywania Elbląga przez Armię Czerwoną (26.01–10.02.1945) katedra została w dniu święta Matki Boskiej Gromnicznej, 2 lutego 1945, doszczętnie wypalona. Pierwszym polskim księdzem, który przyjechał do Elbląga, był ks. Jan Ostrowski, były powstaniec warszawski. W lipcu 1945 r. Ministerstwo Administracji Publicznej skierowało do Elbląga ks. Hilarego Pracz-Praczyńskiego, franciszkanina, który starał się doprowadzić do porządku byłą kaplicę baptystów, gdyż wypalona świątynia nie rokowała nadziei na rychłą odbudowę. 2 kwietnia 1946 r. administrator apostolski diecezji warmińskiej Teodor Bensch skierował do parafii św. Mikołaja ks. Ludwika Białka a ten rozpoczął prace nad szybką odbudową kaplicy.