31 grudnia 1947 przybył nowy proboszcz parafii św. Mikołaja i dziekan w Elblągu, ks. Wacław Hipsz, którego celem była m.in. odbudowa kościoła. 7 maja 1948 ks. Hipsz zorganizował Komitet Odbudowy Zabytkowego Kościoła św. Mikołaja w Elblągu, z zadaniem odbudowy katedry. 25 lipca 1948 rozpoczęto odgruzowywanie świątyni. W kościele ułożono szyny, po których wagonikami wywieziono około 7000 m³ gruzu. Codziennie społecznie pracowało po około 25 osób, pomagali uczniowie szkół podstawowych nr 4 i 6, gimnazjum i Liceum Handlowego. Pracowała również młodzież ze Służby Polsce. Z funduszów państwowych wykonano prace przygotowawcze do szalowania pod płytę betonową, która miała w przyszłości stanowić strop katedry. W 1950 zabetonowano strop i uszczelniono go papą bitumiczną. Ważnym wydarzeniem tego roku było zamontowanie trzech dzwonów z uszkodzonego kościoła św. Anny w Elblągu w wyremontowanej konstrukcji stalowej wieży kościoła św. Mikołaja. Otynkowano również w tym roku 1/3 wnętrza tego kościoła. Prześladowanie duchowieństwa nie pozwoliło na kontynuowanie tych prac. 10 lutego 1952 ks. Hipsz otrzymał nakaz opuszczenia Elbląga w ciągu trzech dni i został przeniesiony do Ostródy.