Nowego proboszcza długo nie zatwierdzano.
Następcą księdza Hipsza został ksiądz Gracjan Rudnicki, który nie czuł się w Elblągu dobrze; w maju 1954 parafię objął ks. Gedymin Pilecki. Od razu po jej objęciu rozpoczął gromadzenie funduszy na dalszy etap odbudowy kościoła. Z pisma wystosowanego w dniu 8 listopada 1954 do Ministerstwa Kultury i Sztuki wynika, że pragnął odbudować dach na świątyni, przywrócić dawną sylwetkę szacownego zabytku, co wpłynie dodatkowo na wygląd miasta, a ponadto sprawi, że dotychczasowy wkład finansowy państwa w dzieło odbudowy tego kościoła nie ulegnie zaprzepaszczeniu. W związku z tym ks. Pilecki prosi o przydział materiałów budowlanych na sumę 198 620 ówczesnych złotych. Dzień 17 stycznia 1955 przyniósł niespodziewaną klęskę budowlaną kościoła św. Mikołaja. Szalejąca w tym dniu wichura spowodowała wyrwanie trzech okien kościoła, wytłuczenie wielu szyb w innych oknach i zerwanie dachu nad zakrystiami wyposażonymi w oryginalne gotyckie sklepienia.