W kręgu konserwatorów zabytków pojawiły się opinie głoszące, że wieża kościoła jest zbyt agresywna i należy rozebrać jej stalową konstrukcję. W związku z tym ks. Pilecki doprowadził do powołania komisji fachowców, która orzekła w dniu 29 czerwca 1956, że konstrukcja ta jest unikalna i podlega ochronie, że jest dobrze zachowana i w tym stanie może trwać jeszcze nawet 20 lat. Zdaniem komisji ze wszech stron jest konieczne utrzymanie konstrukcji stalowej hełmu wieżowego w jej obecnym stanie i odtworzenie hełmu zgodnie z wymaganiami konserwatorów zabytków.
Przygotowania do pokrycia kościoła dachem wymagały wymurowania wieńca wokół murów zewnętrznych, co zmusiło ks. Pileckiego do zakupienia 100 000 cegieł w dniu 19 maja 1957. W dniu 8 października tegoż roku wymienił 60 000 cegieł niedawno zakupionych na taką samą liczbę cegieł z rozbieranego właśnie kościoła w Kadynach. Cegły te posłużyły do łatania uszkodzonej wieży kościoła. Za zakończenie odbudowy kościoła można uznać rok 1965.
W latach 1969–1989 zamontowano w kościele witraże.