Wyposażenie thumb|Wnętrze katedry św. Mikołaja Do najcenniejszych elementów wyposażenia wnętrza należą: gotycka chrzcielnica z brązu z 1387 wykonana przez mistrza Bernhausera, drewniane figury apostołów, wielka gotycka rzeźba św. Mikołaja oraz późnogotyckie ołtarze przeniesione z innych kościołów Elbląga (ołtarze Trzech Króli, słodowników, NMP, flisaków).
W katedrze znajdują się relikwie Krzyża Świętego. Fragment Krzyża podarował cesarz Fryderyk II Hohenstauf wielkiemu mistrzowi zakonu krzyżackiego Hermannowi von Salza w XIII wieku. Relikwie początkowo przechowywano na zamku krzyżackim, a po jego zdobyciu w 1454 roku przeniesiono je do kościoła św. Mikołaja. Relikwiarz z około 1400 roku został uszkodzony w 1945, a odnowiony w 1971 roku. W 2000 roku kościół ogłoszono sanktuarium Krzyża Świętego.
W 1992 roku na budynku katedry pw. św. Mikołaja dokonano inwentaryzacji świdrów ogniowych, naliczono wówczas 1054 znaki. Jest to najprawdopodobniej największa ilość dołków na jednym obiekcie w Polsce.