Abdykacja 4 marca 1998 wielki książę Jan, wzorem matki, ustanowił swojego najstarszego syna, księcia Henryka, porucznikiem reprezentującym w imieniu wielkiego księcia.
24 grudnia 1999 książę Jan wyraził chęć abdykacji na rzecz księcia Henryka, po 35 latach panowania. Uroczystości zaplanowano na 28 września 2000, ale przełożono je ze względu na wypadek samochodowy, w którym ranni zostali jego młodszy syn, książę Wilhelm i synowa, księżna Sybilla.
7 listopada 2000 wielki książę Jan, w towarzystwie wielkiej księżnej Józefiny, podpisał w Pałacu Książęcym akt abdykacyjny. W ceremonii wzięli udział członkowie rodziny książęcej, przedstawiciele rządu, Beatrycze, królowa Holandii, Albert II, król Belgów i Paola, królowa Belgów.
Kilka godzin później odczytano akt abdykacji, a nowym wielkim księciem Luksemburga został książę Henryk. Jego małżonka, Maria Teresa została kolejną wielką księżną. Henryk złożył stosowną przysięgę i wygłosił przemówienie. Następnie miała miejsce msza święta w Katedrze Notre Dame w Luksemburgu i rodzina książęca wystąpiła na balkonie pałacu, a także spotkała się z poddanymi.
Po abdykacji Wielki książę Jan razem z żoną przeprowadził się do zamku Fischbach, położonego w miejscowości Fischbach w kantonie Mersch.