10 stycznia 2005 z powodu raka płuc zmarła wielka księżna Józefina-Szarlotta. Jej pogrzeb miał miejsce 15 stycznia w Katedrze Notre Dame w Luksemburgu.
1 lipca 2006 otworzył Współczesne Muzeum Sztuki w Luksemburgu, nazwane swoim imieniem.
W maju 2007 otrzymał tytuł doctora honoris causa Uniwersytetu Lavala w Quebecu, w którym studiował.
5 stycznia 2011 zorganizowano uroczyste obchody 90. urodzin wielkiego księcia Jana.
W styczniu 2013 odwiedził miejscowy kościół w Fischbach.
12 listopada 2014 wziął udział w oficjalnej prezentacji biograficznego filmu Jean de Luxembourg i książki pod tym samym tytułem
9 października 2017 odwiedził Europejski Trybunał Sprawiedliwości.
16 stycznia 2019 przyjął w oficjalnej wizycie na zamku Fischbach premiera państwa, Xaviera Bettel.
Po raz ostatni wystąpił publicznie podczas pogrzebu swojej siostry, Alicji, księżnej Ligne, który miał miejsce 16 lutego 2019 w kościele Świętego Piotra w belgijskim Belœil.
Związki z innymi rodzinami królewskimi Wielki książę Jan był blisko spokrewniony ze wszystkimi panującymi obecnie i dawniej rodzinami królewskimi i książęcymi w Europie. Jego cioteczny brat, Borys III, był cesarzem Bułgarii. Jego ciotką była między innymi Zyta, cesarzowa Austrii i Węgier.