Był bezdzietny, więc tron przejął jego młodszy brat, wielki książę litewski Aleksander I Jagiellończyk (1501–1506).
Panowanie Aleksandra I Jagiellończyka (1501-1506) thumb|upright|Aleksander Jagiellończyk – portret
Wybór na króla 12 grudnia 1501 roku w katedrze na Wawelu Aleksander I Jagiellończyk został koronowany na króla Polski przez najmłodszego syna Kazimierza Jagiellończyka, swojego brata – arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski, kardynała Fryderyka Jagiellończyka. Koronacja odbyła się w obecności m.in. królowej Elżbiety Rakuszanki. Żona Aleksandra, wielka księżna litewska Helena, nie została koronowana na królową Polski. Sprzeciwiali się temu biskupi, gdyż wyznawała wiarę prawosławną. Aleksander koronę uzyskał dopiero po podpisaniu dwóch aktów ustrojowych, przygotowanych przez możnowładców polskich: o zrzeczeniu się swych praw dziedzicznych do Litwy i zacieśnieniu unii polsko-litewskiej (unia mielnicka) oraz przyznaniu władzy w kraju senatowi na mocy przywileju mielnickiego. Było to równoznaczne z poddaniem króla kontroli możnowładców.
Wojna z Wielkim Księstwem Moskiewskim
28 marca 1503 roku podpisano sześcioletni rozejm, kończący wojnę moskiewską trwającą od 1500 roku.