Powojenne władze pierwotnie planowały przeznaczyć świątynię na szkołę lub dom kultury, ostatecznie jednak w 1950 roku kościół ewangelicki w Swarzędzu został rozebrany (dziś na Placu Niezłomnych istnieje ekspozycja ukazująca fragment podziemi kościoła wraz z tablicą informacyjną). Zdewastowany cmentarz ewangelicki w Swarzędzu przy ulicy Piaski przekształcono zaś w park miejski. W 1998 roku ustawiono w parku głaz wraz z tablicą pamiątkową informującą o dawnych mieszkańcach Swarzędza wyznania ewangelicko-augsburskiego pochowanych w tym miejscu.
Wielkie zasługi w okresie odbudowy parafii położyli kolejni kuratorzy rady parafialnej, prof. Jerzy Suszko i mistrz piekarski Paweł Rymorz, później m.in. prof. Paweł Gettel. W 1946 r. wznowiono pracę duszpasterską w Lesznie. W związku z powojennym niedostatkiem duchownych, ks. Świtalski współdziałał w organizacji nowych polskich parafii w Gorzowie Wielkopolskim i w Szczecinie. Na przełomie 1948/1949 r. funkcję administratora pełnił ks. senior Ryszard Trenkler z Torunia. W latach 1949–1959 proboszczem był ks. Włodzimierz Missol, w tym czasie wznowiono odprawianie nabożeństw w Gnieźnie i odzyskano kaplicę w Chodzieży. Po nim jako wikariusz pracował ks. Alfred Neumann, w tym czasie z parafią związał się znany poeta Wojciech Bąk. Kolejny duchowny, ks.