W okresie międzywojennym jego staraniem powstały na terenie Wielkopolski liczne stacje opieki nad matką i dzieckiem, gdzie prowadzono bezpłatne rozdawnictwo mleka, co wywarło istotny wpływ na poprawę stanu zdrowotności społeczeństwa. Jego umiejętności lekarskie zyskały szerokie uznanie i uważany jest za twórcę poznańskiej pediatrii. mały|Grób prof. Karola Jonschera na Cmentarzu Junikowo W 1938 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski10 listopada 1938 „za zasługi na polu pracy naukowej i społecznej” .
Podczas II wojny światowej w 1940 przez kilka miesięcy był więziony w Dachau. Był związany z parafią ewangelicko-augsburską w Poznaniu, był też kuratorem Stowarzyszenia Polskiej Akademickiej Młodzieży Ewangelickiej.
W Polsce Ludowej w 1954 otrzymał Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, a także Order Świętego SawyŻyciorys prof. Jonschera
Żoną była od 1921 Janina z domu Gettlich, mieli pięcioro dzieci. Został pochowany na cmentarzu Junikowo (pole 6, kwatera 5, grób 9C)Informacje na stronie um.poznan.pl. W 1973 (i ponownie w 2003) jego imię nadano Szpitalowi Klinicznemu nr 5 (mieszczącemu Instytut Pediatrii Akademii Medycznej w Poznaniu, dzisiejszego Uniwersytetu Medycznego im.