Instytut Muzykologii Uniwersytetu Warszawskiego – jednostka Wydział Nauk o Kulturze i Sztuce Uniwersytetu Warszawskiego.
Instytut wraz z biblioteką zajmuje północne skrzydło zabytkowego pałacu Tyszkiewiczów-Potockich przy ul. Krakowskie Przedmieście 32, znajdującego się w obrębie kampusu głównego UW.
Historia Zakład Muzykologii na Uniwersytecie Warszawskim istnieje od 1948. Inicjatorką założenia była Zofia Lissa. Pierwotnie działał w Sekcji Historii Wydziału Humanistycznego UW. W pierwszych latach na Muzykologii wykładali Józef M. Chomiński i ks. Hieronim Feicht.
Studia w nowym Zakładzie zaczęło 12 studentów a zakończyło w 1953 roku 3 absolwentów: Michał Bristiger, Józef Kański i Józef Patkowski. W roku akademickim 1958/59, muzykologię studiowało 80 studentów.
Zakład został przekształcony w Katedrę Muzykologii, następnie w roku 1958 w Instytut.
W latach 50. funkcjonowały 3 zakłady: Powszechnej Historii Muzyki – prof. Józef M. Chomiński Historii Muzyki Polskiej – prof. Hieronim Feichta) Sekcja Muzyki Ludowej – doc. Marian Sobieski Historii Teorii i Estetyki – prof. Zofia Lissaoraz od 1969 Zakład Etnografii Muzycznej – doc. Anna Czekanowska-Kuklińska