W 1995 w Instytucie utworzono 5 zakładów: Powszechnej Historii Muzyki – kierownik: prof. dr hab. Alina Żórawska-Witkowska, obecnie dr hab. Szymon Paczkowski, prof. UW Historii Muzyki Polskiej – kierownik: doc. dr hab. Agnieszka Leszczyńska Teorii i Estetyki Muzyki – kierownik: prof. dr hab. Zbigniew Skowron Etnomuzykologii – kierownik: prof. dr hab. Anna Czekanowska-Kuklińska, obecnie prof. dr hab. Piotr Dahlig Zakład Muzykologii Systematycznej – prof. dr hab. Sławomira Żerańska-Kominek, obecnie dr hab. Ewa Gruszczyńska-Ziółkowska, prof. UW Od 1 września 2020 r. na mocy zarządzenia rektora UW z 15 czerwca 2020 roku Instytut Muzykologii jest częścią Wydziału Nauk o Kulturze i Sztuce, kontynuującego tradycje dawnego Wydziału Historycznego Uniwersytetu Warszawskiego.
Dyrektorzy prof. Zofia Lissa (1958–1975) prof. Anna Czekanowska-Kuklińska (1975–1991) prof. Zofia Helman (1991–1996) prof. Mirosław Perz (1996–1999) prof. Sławomira Żerańska-Kominek (1999–2016) prof. Zbigniew Skowron (2016–2020) dr hab. Iwona Lindstedt, prof. UW (od 2020)