Jego misja trwała 6 miesięcy. 2007 – w październiku został zatwierdzony przez NASA do udziału w kolejnym locie kosmicznym – misji STS-119Komunikat NASA o nominacjach do misji STS-119 [dostęp 2008-11-04].. 2009 – w dniach 15–28 marca uczestniczył w 13-dniowej misji STS-119 wahadłowca Discovery. 2011 – w sierpniu opuścił NASA.
Loty kosmiczne 40px|STS-100 STS-100; (Endeavour F-16); thumb|200px|Phillips podczas prac remontowych w module Zwiezda w maju 2005 thumb|250px|John Phillips podczas kosmicznego spaceru John Phillips w swoją pierwsza misję kosmiczną wyruszył 19 kwietnia 2001, będąc specjalistą misji na pokładzie wahadłowca Endeavour. Załogą STS-100 dowodził Kent Rominger, a pilotem wahadłowca był Jeffrey Ashby. Funkcję specjalisty misji pełnili: Chris Hadfield (Kanada), Jurij Łonczakow, Scott Parazynski oraz Umberto Guidoni (Włochy). Po dwóch dniach, 21 kwietnia, prom przycumował do Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. W ładowni wahadłowca znajdował się kontener Raffaello, w którym przywieziono na stację ponad trzy tony ładunku. Na orbitę dostarczono również manipulator Canadarm-2 (Space Station Remote Manipulator System), który astronauci zamontowali podczas dwóch spacerów kosmicznych. Pobyt załogi STS-100 na stacji został przedłużony o 48 godzin. Było to spowodowane awarią komputerów.