Istnieją też negatywne regulatory aktywacji makrofagów. Zaliczają się do nich PPAR-γ, ulegający up-regulacji w aktywowanych makrofagach i redukujący ekspresję genów indukowanej syntazy NO, gelatynazy B i receptora zmiatacza A na drodze interferencji z działaniem czynników transkrypcyjnych AP-1, STAT i NF-κB.
Alternatywna aktywacja W wyniku oddziaływania IL-4, IL-13 i IL-21 związanych przede wszystkim z limfocytami Th2 makrofagi uzyskują fenotyp 2. Indukowaną przez nie odpowiedź zapalną charakteryzuje naciekanie dużej ilości eozynofili. Ogólnie makrofagi te określa się jako "przeciwzapalne" – nadmierna degradacja antygenów powoduje, że mają niską skuteczność w prezentowaniu antygenu. Produkują w szczególności przeciwzapalną IL-10. W makrofagach typu 2 głównym szlakiem metabolizmu argininy jest powstawanie ornityny w reakcji katalizowanej przez arginazę, co powoduje syntezę poliamin i proliny, co sprzyja odbudowanie tkanek poprzez zwiększenie substratów do produkcji kolagenu i białek macierzy pozakomórkowej.
Wydzielane substancje Makrofagi syntetyzują i wydzielają liczne substancje, które można podzielić na kilka grup.