Kierował on jednocześnie sekcją zdrowotności, gdzie opracowano przepisy i instrukcje regulujące działania pododdziałów i instytucji Legionów Polskich odpowiedzialnych za opiekę medyczną.
II Rzeczpospolita W styczniu 1919 r. upadł rząd Jędrzeja Moraczewskiego. Nowy gabinet stworzył Ignacy Jan Paderewski. Janiszewski z ramienia PSL „Piast” został mianowany ministrem zdrowia publicznego. Podczas swojej kadencji skupiał się na zagadnieniach organizacji służby zdrowia oraz przeciwdziałaniu epidemiom. Ujednolicił programy studiów medycznych. Wprowadził kluczowe dla zdrowia publicznego ustawy dotyczące organizacji i działania opieki medycznej, takie jak ustawa sanitarną oraz ustawa o przymusowym szczepieniu przeciwko ospie, uchwalone 17 lipca 1919 r. Natomiast 25 lipca uchwalono ustawę o zwalczaniu chorób zakaźnych. Nowe przepisy poskutkowały ograniczeniem liczby zachorowań na choroby zakaźne. Janiszewski założył kilka państwowych zakładów badawczych na zakupionym z jego inicjatywy gruncie w Warszawie przy ulicy Chocimskiej. Były to zakłady: epidemiologiczny, farmaceutyczny, badania wody, wyrobu surowic i szczepionek, badania środków spożywczych. Później, po dobudowaniu Szkoły Higieny, zakłady te otrzymały wspólną nazwę Państwowego Zakładu Higieny.