Działalność edukacyjna bractwa Bohojawleńskiego stała się czynnikiem odnowy duchowo-intelektualnej Cerkwi Prawosławnej na całym Podlasiu. W 1596 bractwo zdecydowanie sprzeciwiło się zawartej w Brześciu unii, co spowodowało konflikt z proboszczem parafii, będącym jednocześnie bielskim protopopem (dziekanem).
XVII wiek Po 1609, tj. po przyjęciu postanowień unii przez monaster supraski nasiliły się naciski na bractwo Bohojawleńskie, mające na celu odejście wiernych od prawosławia, a w 1621 cerkiew podporządkowano biskupowi unickiemu. Ówczesny dziekan bielski i jednocześnie proboszcz parafii (ks. Teodor Jakubowicz) był gorącym zwolennikiem unii. Jednak dzięki staraniom przewodniczącego bractwa, Sawy Hliwczyca, król Władysław IV Waza zajął przychylne stanowisko wobec prawosławnych – 28 lutego 1633 potwierdził przywileje bractwa, a 14 marca tegoż roku wydał uniwersał, nakazującym zwrot cerkwi dyzunitom. Społeczność prawosławna uzyskała też wsparcie od metropolity kijowskiego Piotra Mohyły, który skierował do Bielska ks. Teofila Leontowicza;