Kongregacja wraz ze śródecką parafią otrzymała jako zaplecze gospodarcze i źródło utrzymania wieś Mychowo. W 1746 roku w pobliżu kościoła rozpoczęto budowę murowanego klasztoru. Księża filipini podejmowali wiele działań o charakterze duszpasterskim m.in. głosili katechezy dla wiernych czy wykładali teologię na pobliskiej Akademii Lubrańskiego. Proboszczami byli każdorazowo przełożeniu kongregacji (m.in. ks. Wojciech Reuth, ks. Michał Bułakowski, ks. Piotr Myszczyński, ks. Mikołaj Bagnowski, ks. Antoni Milewski). Pod koniec XVIII wieku parafia liczyła ok. 700-800 wiernych. Przy kościele działały dwa bractwa: Literackie (fund. 1596) i św. Barbary (fund. 1659).
Taki stan rzeczy trwał do 1805 roku, kiedy to władze pruskie dokonały kasaty zakonów. Dekretem bp. Ignacego Raczyńskiego z dnia 1 marca 1805 roku kościół św. Małgorzaty stał się kościołem pomocniczym parafii archikatedralnej. Zezwolono jedynie na odprawianie dwóch Mszy świętych w niedziele rano oraz w dni powszednie na nabożeństwa brackie, fundacyjne i pogrzebowe. Z klasztoru usunięto również księży filipinów rozwiązując tym samym poznańską kongregację, a budynek przekazano pod zarząd biskupa poznańskiego. Ostatnim przełożonym i proboszczem był ks. Jan Kowalski. Obowiązki duszpasterskie zlecono ks.