W 1963 roku świątynia została przekazana Kościołowi Polskokatolickiemu.
Antykościelna polityka władz pruskich zmusiła do reorganizacji struktur parafialnych, czego skutkiem było przejęcie opieki duszpasterskiej nad mieszkańcami Śródki, Zawad, Zagórza i Chwaliszewa przez kapitułę katedralną jako rządców poznańskiej katedry. Oficjalnie urząd proboszcza pełnił prepozyt kapituły, który mianował spośród kolegium wikariuszy administratora (komendarza, rektora). W tym czasie potocznie mówiło się o parafii tumskiej lub św. Małgorzaty. Ograniczenia dotyczące sprawowania kultu w śródeckiej świątyni doprowadziły do wzmożenie procesu laicyzacji. Wierni nie byli skłonni uczestniczyć w uroczystych celebracjach katedralnych. Sytuacja zaczeła zmieniać się w latach czterdziestych XIX wieku, kiedy to zezwalana na odprawianie świątecznych nabożeństw, procesji, głoszenie kazań czy prowadzenie katechezy. Założono również tzw. bractwo wstrzemięźliwości. W połowie XIX wieku parafia liczyła 5200 wiernych.
W latach 1914–1939 wydawano „Tygodnik Kościelny Parafii Archikatedralnej” („Wiadomości Parafii Archikatedralnej”) – jeden z pierwszych w Polsce periodyków parafialnych.