24 marca 1966 przebywający na emigracji Mwambutsa IV, monarszym dekretem wyznaczył regentem swojego młodszego syna oraz nadał mu specjalne uprawnienia, obejmujące m.in. koordynację i kontrolę prac rządu. 8 lipca 1966 Ndizeye z poparciem armii i biurokracji zdymisjonował premiera Léopolda Bihę, zawiesił obowiązywanie konstytucji, po czym przejął pełnię władzy w państwie, wstępując na tron jako Ntare V. Jego uroczysta koronacja miała miejsce w Muramvya 1 września 1966. Objęcie tronu przez Ntare nie byłoby możliwe bez poparcia szefa sztabu sił zbrojnych, kpt. Michela Micombero. 11 lipca 1966 Ntare powierzył Micombero funkcję premiera (dwa dni później objął on także tekę ministra obrony). To właśnie szef rządu sprawował realną władzę w kraju, podczas gdy mwami pozostawał de facto władcą nominalnym.
Radykałowie Tutsi zaczęli wkrótce optować za obaleniem monarchii i wprowadzeniem systemu republikańskiego. Stosunki między rządem a monarchą stawały się z miesiąca na miesiąc coraz bardziej napięte. Gdy we wrześniu 1966 mwami utworzył trzy nowe sekretariaty stanu (do spraw armii, żandarmerii i sprawiedliwości), zdegradowany minister sprawiedliwości odpowiedział aresztowaniem i uwięzieniem wszystkich trzech nowo mianowanych ministrów.