Do decydującej próby sił doszło 7 listopada 1966, gdy mwami korzystając z wyjazdu najważniejszych członków rządu na szczyt OJA w Addis Ababie postanowił zdymisjonować cały gabinet. Gdy jednak udał się wraz ze swym ochroniarzem i belgijskim żandarmem do siedziby radia, aby ogłosić tę decyzję narodowi, straż grożąc bronią nie pozwoliła mu wejść do budynku. Ostateczne rozstrzygniecie nastąpiło 28 listopada 1966, gdy przebywający z oficjalną wizytą w KongoMwami uczestniczył w uroczystościach z okazji pierwszej rocznicy objęcia rządów przez prezydenta Mobutu Sese Seko. Patrz: . Ntare został obalony przez wojskowy zamach stanu. Proklamowano wówczas powstanie Pierwszej Republiki, na której czele stanął Michel Micombero.

Śmierć Po utracie władzy Ntare wyemigrował do RFN. 30 marca 1972 w tajemniczych okolicznościach powrócił jednak do ojczyzny, po czym natychmiast został osadzony w areszcie domowym w Gitega. Zdaniem René Lemarchanda nie jest wykluczone, iż były monarcha został porwany przez agentów prezydenta Micombero przy współpracy z tajnymi służbami dyktatora Ugandy, Idi Amina.