Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Szkocji McCall zadebiutował 28 marca 1990 roku w wygranym 1:0 towarzyskim meczu z Argentyną. W 1990 roku został powołany przez selekcjonera Andy’ego Roxburgha do kadry na Mistrzostwa Świata we Włoszech. Tam zagrał we wszystkich trzech spotkaniach Szkotów: przegranym 0:1 z Kostaryką, wygranym 2:1 ze Szwecją, w którym zdobył gola w 10. minucie oraz w przegranym 0:1 z Brazylią.
W latach 90. McCall dwukrotnie wystąpił na turniejach o mistrzostwo Europy. W 1992 roku na Euro 92 wystąpił w trzech meczach: z Holandią (0:1), z Niemcami (0:2) oraz z WNP (3:0). Natomiast na Euro 96 także zaliczył trzy spotkania: z Holandią (0:0), z Anglią (0:2) i ze Szwajcarią. Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w marcu 1998 przeciwko Danii (0:1). Łącznie wystąpił w niej 40 razy i strzelił jedną bramkę.
Kariera menedżerska W lipcu 2000 roku McCall został mianowany grającym menedżerem Bradford City w zamian za Chrisa Hutchingsa, zwolnionego zaledwie 4 miesiące po zatrudnieniu w klubie. W debiucie menedżerskim zespół prowadzony przez McCalla uległ 0:1 Evertonowi. Stuart prowadził Bradford jeszcze w jednym spotkaniu, a następnie został zastąpiony przez Jima Jefferiesa.