Dopiero po skończeniu szkoły pilot mógł przejść do Wyższej Szkoły Pilotów w Ławicy pod Poznaniem.
Po zmianach organizacyjnych i zmniejszeniu zakupu samolotów niemieckich, a przechodzeniu na samoloty francuskie, angielskie i włoskie szkołę we wrześniu 1920 przeniesiono do Bydgoszczy. Tutaj 1 grudnia nastąpiło połączenie z Francuską Szkołą Pilotów i utworzenie nowej jednostki szkoleniowej Niższej Szkoły Pilotów w Bydgoszczy. Jej dowódcą został mianowany ppłk. Jan Kieżun.
System szkolenia thumb|400px|Dowództwo, instruktorzy i uczniowie Krakowskiej Szkoły Pilotów maj 1920 r. System szkolenia oparty był na systemach austriackich. Uczniowie podzieleni byli na trzy kategorie A, B i C. Początkowe szkolenie uczniów kategorii A polegało na odbyciu około 100 lotów z instruktorem oraz kilku samodzielnie na samolocie szkolnym dwusterowym. Ta część kursu kończyła się egzaminem, po zdaniu którego uczeń przechodził do kategorii B. Tutaj wykonywano około 15 lotów samodzielnych na samolocie szkolnym i 75 lotów samodzielnych mających na celu szkolenie w lądowaniu, także z wyłączonym silnikiem. Ostatnią częścią kursu B było 15 lotów szkolących w trudnych lądowaniach: np. na sygnał, „w polu”, w kole oraz loty spiralne.