W kampanii jesiennej 1799 dowodził strzelcami Bosco 24 października, Nov 6 listopada 1799 r. Przy reorganizacji Legii, w r. 1800 popadł w Marsylii w zatarg z gen. Dąbrowskim na tle awansu. Zamierzał przejść do służby francuskiej, lub ożenić się, w końcu, ostro wyraziwszy żale, zażądał dymisji. Dąbrowski, po nieudanych próbach zatrzymania go, skreślił go z listy oficerskiej. Dymisję odebrał w pół roku po jej złożeniu, w momencie, gdy legioniści oblegali Peschierę w grudniu 1800 r.
Gdy chciał powrócić do wojska, miejsce jego było zajęte, a Dąbrowski był urażony.
W lipcu 1801 opuścił służbę wojskową. Skorzystał jednak ze swojej popularności i opinii gorącego patrioty i przy nowej reorganizacji został wybrany 22 grudnia 1801 r. na kapitana oddziału. 3. półbrygady polskiej- byłej Legii naddunajskiej. Na S. Domingo z nią nie pojechał. Przypuszczalnie był wtedy na urlopie w kraju. Ponieważ zaś liczono mu potem kampanię 1805 r., (Austerlitz), 1806 r.(Jena), musiał w tych latach mieć przydział do któregoś ze sztabów francuskich. W maju 1807 r. został mianowany szefem batalionu 9. p. p. Księstwa Warszawskiego (A. Sułkowskiego). Wkrótce został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Virtuti Militari. W sierpniu 1808 ruszył wraz z pułkiem do Hiszpanii.